Le CRAT-MN est constitué de la conseillère communale ou du conseiller communal en charge de l'aménagement du territoire de chacune des dix communes des Montagnes neuchâteloises (Brot-Plamboz, La Brévine, La Chaux-de-Fonds, La Chaux-du-Milieu, La Sagne, Le Cerneux-Péquignot, Le Locle, Les Brenets, Les Planchettes et Les Ponts-de-Martel).

Le RUN gère le secrétariat technique et administratif du conseil régional d'aménagement du territoire des Montagnes neuchâteloises.