Entre 2007 et 2010, les huit régions et agglomérations RUN ont signé avec le Conseil d'Etat des contrats définissant un projet de territoire, des objectifs de développement ainsi qu'un ensemble de mesures s'inscrivant dans ces orientations. Ces documents constituent des fils conducteurs pour permettre aux associations régionales membres du RUN d'appuyer leur développement ainsi que des bases pour les relations Etat-régions.
Ces documents, pour une part abrogés, peuvent être téléchargés à droite de la page (les contrats-région, 1ère génération).
En 2016, le Conseil d'Etat a initié l'actualisation des contrats de région et d'agglomération en raison des différentes évolutions qui rendent les documents de première génération, en partie, obsolètes. En effet, les fusions de communes abouties ou en cours, la réalisation d'un certain nombre de mesures ainsi que le changement d'orientations stratégiques engendrent le besoin d'actualiser les objectifs régionaux. Ce processus est également l'occasion de renforcer les relations entre les autorités des associations régionales et de l'Etat. Enfin, une attention toute particulière est portée à la cohésion cantonale en permettant à chaque région de définir et d'affirmer son positionnement. La stratégie globale de développement territoriale ainsi actualisée doit permettre au canton de Neuchâtel d'être uni et solidaire à l'intérieur, tout en tenant compte des spécificités de chacune des régions, afin de mieux rayonner à l'extérieur.
Le processus a été lancé à l'occasion du 7ème Forum RUN qui marquait également les 10 ans du RUN durant lequel a eu lieu un atelier participatif sous forme de "world café". Ce dernier a permis aux exécutifs communaux et au Conseil d'Etat, présent in corpore d'échanger dans un cadre informel et décontracté autour des problématiques cantonales et de l'avenir des régions du Canton. Les résultats de l'atelier permettent d'alimenter le processus d'élaboration d'Accords sur le positionnement stratégique.
Le processus a abouti à la signature de quatre Accords de positionnement stratégique fin août 2017. Chaque Accord est présenté en détail sur une page propre (Neuchâtel Littoral, Montagnes neuchâteloises, Val-de-Ruz et Val-de-Travers).
Présenté aux régions et aux communes le 11 décembre 2019 à l'occasion du Forum RUN, le bilan a été largement positif. À cette occasion, une dizaine d'acteurs privés et publics ont illustré ce succès en présentant leur projet réalisé ou en cours de réalisation. Le plébiscite en faveur de la reconduction des Accords enregistré lors de la phase de consultation a confirmé la satisfaction engrangée dans le cadre de la première phase de mise en œuvre des Accords. C'est donc de manière unanime que l'ensemble des signataires, intégrant désormais la Commune de Saint-Blaise qui rejoint les signataires de l'APS de la Région Neuchâtel Littoral, ont signé les avenants reconduisant les Accords de positionnement stratégique, avec comme seule modification des adaptations de forme destiné notamment à tenir compte des récentes fusions de communes et de la nouvelle structure RUN en quatre régions.
Durant la prochaine législature communale 2020-2024, sous l'égide du RUN, les Régions neuchâteloises, en collaboration avec leurs communes membres et l'Etat, poursuivront ainsi la mise en œuvre de projets d'importance pour le développement du canton.
