Les communes neuchâteloises composent les quatre Régions membres du RUN. Le RUN joue donc le rôle de plateforme de concertation des communes, organisées en régions et permet également d'organiser les relations interrégionales notamment au sein du Conseil d'administration RUN. L'Association des communes neuchâteloises (ACN) est une entité indépendante du RUN qui représente toutes les communes neuchâteloises. L'ACN leur permet de s'oragniser sur différents dossiers d'actualité (rôle de lobbying). Les conférences des directeurs communaux (commissions de l'ACN) sont gérées sur mandat par le RUN.