­La mise en œuvre de la stratégie RUN passe par la réalisation du TransRUN, projet phare de cette politique, et le plus connu du public. Il s’agit non seulement d’une liaison ferroviaire rapide entre les Montagnes et le Littoral, mais encore de la colonne vertébrale du RUN, soit d’un concept de transports publics qui permettra de relier de manière optimale toutes les régions du canton.

A l'horizon 2020, les trois villes seront reliées à la cadence du quart d’heure et toutes les régions du canton devraient bénéficier de liaisons performantes vers les centres urbains. Le Val-de-Ruz disposera par exemple d’un service de bus rayonnant depuis Cernier.

Le temps de transport entre La Chaux-de-Fonds et Neuchâtel sera de 12 à 14 minutes, soit la moitié de la durée sur la ligne actuelle. Un seul arrêt est prévu à Cernier, où une gare nouvelle sera créée.

Entièrement souterrain depuis les Portes-Rouges à Neuchâtel (vers le pont du Mail) jusqu'au bas du Reymond à La Chaux-de-Fonds, le tracé est déjà bien défini. Les forages géologiques, qui ont commencé en novembre 2010, permettront de l'affiner et de mieux estimer les coûts et évaluer les risques.

La modernisation de la ligne Morteau-le Locle est nécessaire à la mise en place d'une offre performante pour les frontaliers, qui travaillent aussi dans le bas du canton.

Le projet d'agglomération RUN prévoit de nombreux aménagements, entre autres quelques parkings d'échange de dimension moyenne à l'entrée de l'agglomération, comme à Boudry-Perreux ou au Locle-Col-des-Roches. Ces P+R sont destinés à des usagers du réseau routier supérieur (A5, J20/Route des Microtechniques) et donnent accès au TransRUN.

Le nouveau réseau TransRUN implique un développement important de l’infrastructure ferroviaire avec la construction d'un long tronçon de voie nouvelle en grande partie en tunnel ainsi que la construction de gares nouvelles ou le réaménagement de gares existantes.

La gare du Crêt-du-Locle a déjà été construite, les arrêts de Morgarten et des Eplatures seront réaménagés à La Chaux-de-Fonds, ainsi que la place de la Gare. Une gare sera créée à Cernier. La desserte de bus existante sera restructurée et mise en cohérence avec le Transrun.

La construction du Transrun est envisagée entre 2015 et 2020.

Le coût global du projet, y compris les aménagements (gares, etc.) devrait se situer aux alentours des 850 millions de CHF, dont quelque 500 à charge du canton de Neuchâtel. Ce coût fait actuellement l'objet de discussions entre le canton, la Confédération et les CFF.