La conception directrice cantonale 2004 de l'aménagement du territoire, adoptée en janvier 2005 par le Grand Conseil, sert de boussole au RUN. Elle définit les grandes lignes et les objectifs de la stratégie aujourd'hui mise en oeuvre par le RUN: les villes en réseau et l'alliance des agglomérations et des régions. Contrairement à la conception directrice de 1986, qui énonçait des actions à conduire dans divers domaines sectoriels, celle de 2004 repose sur une orientation transversale, visant à fédérer les forces et les idées pour relever les défis d'aujourd'hui et de demain.